Bacterias resistentes a los antibióticos en alimentos de origen animal. Revisión sistemática / Antibiotic-resistant bacteria in foods of animal origin. Systematic review

Introducción. La problemática alrededor de la resistencia a los antibióticos se intensifica por la presencia de patógenos resistentes en alimentos de origen animal. Objetivo. Presentar el estado de la prevalencia de bacterias resistentes a antibióticos (BRA) y los principales genes de resistencia a antibióticos (GRAs) que se reportan en alimentos de origen animal y en animales destinados al consumo humano. Materiales y métodos. Se realizó una revisión sistemática basada en la guía PRISMA, empleando las bases de datos: Science Direct, Redalyc, Scopus, Hinari, Scielo, Dialnet, PLOS, ProQuest, Taylor, Lilacs y PubMed/ Medline con estudios originales realizados entre enero de 2017 y abril 2023. Resultados. Un total de 2620 estudios fueron identificados y 71 estudios cumplieron los criterios de inclusión. La carne de res, leche cruda/productos lácteos no pasteurizados y las heces de animales de granja fueron las muestras más estudiadas. Las BRAs más frecuentes fueron Escherichia coli productora de ß-lactamasas de espectro extendido (BLEE), Salmonella spp. resistente a múltiples fármacos (MDR) y Stahylococcus aureus resistente a meticilina (SARM). Los GRAs más reportados fueron bla, tet y sul mediados por plásmidos e integrones, principalmente. Conclusiones. En esta revisión sistemática se encontró, que los aislamientos de E. coli, Salmonella spp. y S. aureus son los que más frecuentemente presentaron resistencia a la tetraciclina ampicilina y el sulfametoxazol/ trimetoprima con el predominio de los genes bla, tet y sul, que están siendo diseminados por elementos genéticos móviles entre bacterias y a humanos a través de clones zoonóticos con una alta estabilidad en el tiempo(AU)

Introduction. The problem around antibiotic resistance is intensified by the presence of resistant pathogens in foods of animal origin. Objective. Present the state of the prevalence of antibiotic resistant bacteria (ARB) and the main antibiotic resistance genes (AGRs) that are reported in foods of animal origin and in animals intended for human consumption. Materials and methods. A systematic review was carried out based on the PRISMA guide, from the Science Direct, Redalyc, Scopus, Hinari, Scielo, Dialnet, PLOS, ProQuest, Taylor, Lilacs and PubMed/Medline databases with original studies carried out between January 2017 and April of 2023. Results. A total of 2620 studies were identified, and 71 studies met the inclusion criteria. Beef, raw milk/unpasteurized dairy products, and farm animal feces were the most studied samples. The most common resistant bacteria were extended-spectrum ß-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli, Salmonella spp. multidrug resistant (MDR) and methicillin resistant Stahylococcus aureus (MRSA). The AGRs most reported were bla, tet and sul, mediated mainly through plasmids and integrons. Conclusions. In this systematic review it was found that the isolates of E. coli, Salmonella spp. and S. aureus are the ones that most frequently presented resistance to tetracycline ampicillin and sulfamethoxazole/ trimethoprim with a predominance of the bla, tet and sul genes, which are being disseminated by mobile genetic elements between bacteria and humans through zoonotic clones with high stability over time(AU)

Water Quality, Heavy Metals, and Antifungal Susceptibility to Fluconazole of Yeasts from Water Systems.

Aquatic environments could be reservoirs of pathogenic yeasts with acquired antifungal resistance. The susceptibility to antifungal agents of yeasts present in the wastewater and natural waters of the city of Cali was evaluated. Samples were taken from two types of water: drinking water (Meléndez River, drinking water treatment plant "Puerto Mallarino" in the Cauca River) and wastewater (South Channel of the Cauca River, "Cañaveralejo-PTAR" wastewater treatment plant). Physico-chemical parameters, heavy metal concentration, and yeast levels were determined using standard procedures. Yeasts were identified using API 20 C AUX (BioMérieux) and sequence analysis of the ITS1-5.8S-ITS2 and D1/D2 regions of the large subunit of the ribosome. Susceptibility assays against fluconazole and amphotericin B using the minimum inhibitory concentration (MIC) test were determined using the microdilution method. The influence of physico-chemical parameters and heavy metals was established using principal component analysis (PCA). Yeast counts were higher at WWTP "PTAR" and lower at Melendez River, as expected. A total of 14 genera and 21 yeast species was identified, and the genus Candida was present at all locations. Susceptibility tests showed a 32.7% resistance profile to fluconazole in the order DWTP "Puerto Mallarino = WWTP "PTAR" > South Channel "Navarro". There were significant differences (p < 0.05) in the physico-chemical parameters/concentration of heavy metals and yeast levels between the aquatic systems under study. A positive association was observed between yeast levels and total dissolved solids, nitrate levels, and Cr at the "PTAR" WWTP; conductivity, Zn, and Cu in the South Channel; and the presence of Pb in the "Puerto Mallarino" DWTP. Rhodotorula mucilaginosa, Candida albicans, and Candida sp. 1 were influenced by Cr and Cd, and Diutina catelunata was influenced by Fe (p < 0.05). The water systems explored in this study showed different yeast levels and susceptibility profiles, and, therefore, possible genetic differences among populations of the same species, and different physico-chemical and heavy metals concentrations, which were probably modulating the antifungal-resistant yeasts. All these aquatic systems discharge their content into the Cauca River. We highlight the importance to further investigate if these resistant communities continue to other locations in the second largest river of Colombia and to determine the risk posed to humans and animals.

Variación en un solo nucleótido en genes de citocinas como marcadores de enfermedades / Single nucleotide variation in cytokine genes as disease markers

Resumen Objetivo: Describir la asociación de las variantes en los genes que codifican por citocinas participantes en el proceso inflamatorio con la susceptibilidad y la gravedad clínica de las enfermedades. Métodos: Se realizó un estudio documental con revisión de literatura científica encontrada en las siguientes bases de datos: Pubmed, Science Direct, Scopus, Scielo, PLOS, Hinari, Redalyc, Dialnet, Taylor, ProQuest. Se revisaron 84 referencias relacionadas con artículos de investigación, revisiones sistemáticas y metaanálisis con los términos ''variante'', ''variante en un solo nucléotido'', ''polimorfismo de nucleótido único'', ''citocinas proinflamatorias'', ''citocinas antiinflamatorias'', ''interleucinas'', ''factor de necrosis tumoral'', ''susceptibilidad genética'', ''enfermedades'' y ''patologías''. Resultados: La evidencia señala que las variantes en un solo nucleótido se detectan principalmente en regiones promotoras de genes que codifican para citocinas reguladoras de procesos inflamatorios, como son: IL-1, IL-6, IL-8, IL-10, IL-12, IL-17, IL-18, IL-22 y el factor de necrosis tumoral. Conclusiones: La expresión y la producción diferencial de estas citocinas desempeñan un papel relevante en la patogenia y la predisposición a sufrir enfermedades, especialmente metabólicas, malignas, autoinmunes e infecciosas. Se mostró también un efecto diferencial de las variantes según las características étnicas, lo que resulta ser una herramienta eficaz en la medicina preventiva.

Abstract Aim: To describe the association of variations in cytokine genes that participate in the inflammatory process with the susceptibility and clinical severity of diseases. Methods: A documentary study was carried out with a review of the scientific literature of the database: Pubmed, Science Direct, Scopus, Scielo, PLOS, Hinari, Redalyc, Dialnet, Taylor, ProQuest. Eighty-four references were reviewed that included research articles, systematic reviews and meta-analyzes, using the terms ''Variants'', ''Single Nucleotide Variation'', ''Proinflammatory cytokines'', ''Anti-inflammatory cytokines'', ''Interleukins'', ''Tumor Necrosis Factor'', ''genetic susceptibility'', ''diseases'', pathologies''. Results: The evidence indicates that Single Nucleotide Variants are detected mainly in promoter regions of genes that code for cytokines that regulate inflammatory processes such as: IL-1, IL-6, IL-8, IL-10, IL-12, IL -17, IL-18, IL-22 and tumoral necrosis factor. Conclusions: The expression and differential production of these cytokines play a role in the pathogenesis and predisposition to diseases, especially metabolic, malignant, autoimmune, and infectious. A differential effect of variants according to ethnic characteristics is also observed, which turns out to be an effective tool to be used in preventive medicine.

Structure of Bacterial Community with Resistance to Antibiotics in Aquatic Environments. A Systematic Review.

Aquatic environments have been affected by the increase in bacterial resistant to antibiotics. The aim of this review is to describe the studies carried out in relation to the bacterial population structure and antibiotic resistance genes in natural and artificial water systems. We performed a systematic review based on the PRISMA guideline (preferred reporting items for systematic reviews and meta-analyzes). Articles were collected from scientific databases between January 2010 and December 2020. Sixty-eight papers meeting the inclusion criteria, i.e., "reporting the water bacterial community composition", "resistance to antibiotics", and "antibiotic resistance genes (ARG)", were evaluated according to pre-defined validity criteria. The results indicate that the predominant phyla were Firmicutes and Bacteroidetes in natural and artificial water systems. Gram-negative bacteria of the family Enterobacteraceae with resistance to antibiotics are commonly reported in drinking water and in natural water systems. The ARGs mainly reported were those that confer resistance to ß-lactam antibiotics, aminoglycosides, fluoroquinolones, macrolides and tetracycline. The high influence of anthropogenic activity in the environment is evidenced. The antibiotic resistance genes that are mainly reported in the urban areas of the world are those that confer resistance to the antibiotics that are most used in clinical practice, which constitutes a problem for human and animal health.

Resistencia a antibióticos ß-lactámicos y eritromicina en bacterias de la cavidad oral / Resistance to ß-lactam Antibiotics and Erythromycin in Bacteria of the Oral Cavity

Resumen Introducción. La microbiota humana como fuente de bacterias y genes de resistencia constituyen un problema de salud pública. En este estudio se investigó la prevalencia de bacilos entéricos Gram negativos resistentes a β-lactámicos y de los Streptococcus del grupo viridans (EGV) con resistencia a eritromicina en la cavidad oral. Métodos. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal con 193 aislamientos de la cavidad oral sana de 178 adultos que asistieron a una Clínica Odontológica de la ciudad de Cali durante el 2018. La evaluación de la sensibilidad antimicrobiana se realizó en 59 bacilos entéricos y 134 EGV y se identificó por PCR los genes que confieren resistencia a β-lactámicos y eritromicina. El análisis estadístico se realizó mediante el empleo del paquete SPSS vs 23. Resultados. El 84,7% de los bacilos entéricos fueron multirresistentes y presentaron genes bla, siendo blaTEM-1 (49,2%) y blaVIM-2 (30,5%,) los más prevalentes. Los EGV fueron resistentes a eritromicina (38,8%) y clindamicina (28,4%). El 18,7% presentaron el fenotipo cMLSβ, 4,5% el iMLSβ y el 14,9% fueron M. El gen ermB se detectó en los cMLSβ, (13,4%) y el gen mef en los M (9,7%). Conclusión. En este estudio se demostró la presencia de EGV y bacilos entéricos resistentes a los antibióticos y portadores de genes de resistencia a eritromicina y genes bla en la cavidad oral sana. La presencia de estas bacterias representa un riesgo para la salud de los individuos portadores y contribuyen a la creciente epidemia de resistencia bacteriana.

Abstract Introduction. The human microbiota as a source of bacteria and resistance genes is a public health problem. This study researched the prevalence of Gram-negative enteric bacilli resistant to β-lactams and erythromycin resistance in the oral cavity. Methods. A descriptive cross-sectional study was carried out with 193 isolates obtained from the oral cavity of 178 healthy adults who were treated at a Dental Clinic in the city of Cali during 2018. The evaluation of antimicrobial sensitivity was performed in 59 enteric bacilli and 134 EGV and the genes that confer resistance to β-lactam and erythromycin were identified by PCR. Statistical analysis was performed using the SPSS statistical package vs. 25.0. Results. 84.7% of the enteric bacilli presented the MDR phenotype and all presented the bla genes, blaTEM-1 (49.2%) and blaVIM-2 (30.5%) being the most prevalent. EGVs were resistant to erythromycin (38.8%) and clindamycin (28.4%). 18.7% presented the cMLSβ phenotype, 4.5% the iMLSβ and 14.9% were M. The ermB gene was detected more frequently in the cMLSβ, (13.4%) and the mef gene in the M (9.7%). Conclusion. This study demonstrated the presence of antibiotics and Gram-negative enteric bacilli resistant to antibiotics and carriers of erythromycin resistance genes and bla genes, respectively in the healthy oral cavity. The presence of these bacteria represents a risk to the health of carrier individuals and contributes to the growing epidemic of bacterial resistance.

Niveles plasmáticos de la interlucina-1 ß (IL-1ß) en pacientes con diagnóstico de sepsis y choque séptico en la unidad de cuidados intensivos de una clínica en la ciudad de Cali (Colombia) / Plasmatic levels of Interleukin-1ß (IL-1ß) in Patients Diagnosed with Sepsis and Septic Shock in the Intensive Care Unit of a Clinic in the City of Cali (Colombia)

Objetivo: el objetivo del presente estudio fue evaluar los niveles plasmáticos de IL-1ß como biomarcador de sepsis bacteriana en pacientes de una clínica de la ciudad de Cali. Materiales y métodos: se realizó un estudio prospectivo en 62 pacientes con sepsis y 20 adultos sanos como control, empleando la técnica de ELISA para medir los niveles plasmáticos de las citocinas. Un análisis de regresión logística se utilizó para estimar Odds Ratio (OR), expresado con su 95% intervalos de confianza (IC del 95%) para el resultado de la sepsis en relación a los niveles de IL-1ß. La prueba de Chi-cuadrado y la U de Mann-Whitney se emplearon cuando correspondió, valores de p<0,05, fueron considerados significativos y se empleó el paquete estadístico SPSS. Vs 23.00. Resultados: la edad promedio de los pacientes fue de 53 años y de estancia en la UCI de 7,00 días, 59,7% de ellos eran hombres. El foco pulmonar (43,5%), la hipertensión arterial (41,9%) y bacterias Gram negativas (59,7%) fueron los más prevalentes con una mortalidad del 16,1%. Los altos niveles de IL-1ß se asoció al desarrollo de choque séptico (OR=28,050; IC95%5,512-142,740;p<0,05) y con padecer insuficiencia respiratoria (OR=9,009;IC95%:0,013-0,941; p<0,05). Conclusión: este estudio evidenció niveles plasmáticos significativamente altos de la IL-1ß durante las primeras 48 horas en pacientes con choque séptico. Los altos niveles de esta citosina se relacionaron con mayor riesgo de desarrollo de choque séptico..(AU)

Objective: the objective of the present study was to evaluate plasma levels of IL-1ß were evaluated as a biomarker of bacterial sepsis in patients from a clinic in the city of Cali. Materials and methods: a prospective study was conducted a prospective study in 62 patients with sepsis and 20 healthy adults as control, using the ELISA test to measure plasma levels of cytokines. The analysis of the odds ratio (OR), expressed with its 95% confidence intervals (95% CI) for the outcome of sepsis in relation to the levels of IL-1ß. The Chi-square test and the Mann-Whitney U test will be applied when appropriate, the p values <0.05, and the statistical data of the SPSS statistical package. Vs 23.00. Results: the average age of the patients were 53 years and they were in the ICU of 7.00 days, 59.7% of them were men. The pulmonary focus (43.5%), arterial hypertension (41.9%) and Gram negative bacteria (59.7%) were the most prevalent with a mortality of 16.1%. The high levels of IL-1ß were associated with the development of septic shock (OR = 28,050, 95% CI 5,512-142,740, p<0.05) and with respiratory failure (OR = 9,009, 95% CI: 0.013-0.941, p<0.05. Conclusion: this study evidenced significantly high levels of IL-1ß during the first 48 hours in patients with septic shock. High levels of this cytokine were associated with increased risk of septic shock development..(AU)

Características epidemiológicas de pacientes con diagnóstico de sepsis y choque séptico en un hospital de la ciudad de Cali, Colombia / (Epidemiological characteristics of patients diagnosed with sepsis and septic shock in a hospital in Cali, Colombia)

Resumen Introducción: la sepsis es un problema de salud pública debido a la elevada mortalidad registrada en las salas de cuidado intensivo. El propósito de este estudio fue establecer las características epidemiológicas de pacientes diagnosticados con sepsis en la Unidad de Cuidados Intensivos de una clínica de la ciudad de Cali. Material y métodos: se realizó un estudio observacional, de corte transversal, con 295 historias clínicas de pacientes con diagnóstico de sepsis. La asociación entre las variables cualitativas y el desarrollo de a sepsis o choque séptico, se analizó mediante la prueba de χ2 con un valor significativo de p<0,05. El Odds Ratio se usó como medida de asociación con intervalo de confianza del 95 %, empleando el paquete estadístico SPSS. Vs 22.00. Resultados: La edad promedio de los pacientes fue 75 años (DS= 17,27), con un ligero predominio de hombres (56,6 %). La cavidad abdominal fue el foco más frecuente de sepsis, con un 28,8 % en pacientes con sepsis y un 23,6 % con choque séptico. Escherichia coli fue el agente más aislado. El mayor riesgo de mortalidad se presentó en pacientes hipertensos (39 %; OR:2,81; IC95 %: 1,39- 5,68; P= 0,003) y en aquellos con procesos hematológicos (17,1 %; OR:5,61; IC95 %: 1,96-16,12; P< 0,001). Conclusión: las bacterias Gram negativas y la cavidad abdominal como foco séptico primario fueron los factores más prevalentes en los pacientes con sepsis y choque séptico analizados. El riesgo de mortalidad se asoció a pacientes hipertensos y con procesos hematológicos.

Abstract Introduction. Sepsis is a public health problem due to the high mortality rate in intensive care units. The purpose of this study was to establish the epidemiological characteristics of patients diagnosed with sepsis in the intensive care unit of a clinic in the city of Cali. Material and methods. A descriptive retrospective study was conducted with 295 clinical records of patients diagnosed with sepsis. The association between the quantitative variables and the development of sepsis or septic shock was analyzed using the χ2 test with a significant value of p <0.05. The Odds Ratio was used as a measure of association with a confidence interval of 95% using the SPSS statistical package, Vs 22.00. Results. The average age of the patients was 75 years (SD = 17.27). With a slight predominance of men (56.6%). The abdominal cavity was the most frequent focus of sepsis, with 28.8% in patients with sepsis and 23.6% with septic shock. Escherichia coli was the most isolated agent. The highest risk of mortality occurred in hypertensive patients (39%, OR: 2.81, 95% CI: 1.39-5.68, P = 0.003) and in those with haematological processes (17.1%; OR: 5 61, 95% CI: 1.96-16.12, P <= 0.001). Conclusion. Gram-negative bacteria and abdominal cavity, as primary septic focus were the most prevalent factors in the patients with sepsis and septic shock analyzed. The risk of mortality was associated with hypertensive patients and with hematological processes.

Caracterización clínica y terapéutica de pacientes con tuberculosis pulmonar en Cali / Clinical and therapeutic characterization of patients with pulmonary tuberculosis in Cali

Resumen Objetivo: Establecer las características clínicas, sociodemográficas y farmacológicas de pacientes con tuberculosis pulmonar. Metodología: Se realizó un estudio descriptivo, retrospectivo y de corte transversal con una muestra de 157 pacientes. La información se recolectó de la base de datos de la Secretaría de Salud Pública Municipal de la ciudad de Cali durante el año 2013. La relación entre las variables se estableció mediante la prueba de chí-cuadrado y empleando el paquete estadístico SPSS, versión 22.0. Resultados: El 62,4% de los pacientes objeto de estudio eran hombres jóvenes y el 72%, de estratos socioeconómicos bajos. El 9,2% de los pacientes presentaron tuberculosis pulmonar farmacorresistente (p = 0,0231). La resistencia a la isoniazida fue de 94,2%; a la rifampicina, de 78,8%; a la pirazinamida, de 21,2%; al etambutol, de 25%; y a la estreptomicina, de 48,1%. Los pacientes desnutridos y adictos a las drogas o al alcohol revelaron mayor resistencia a la terapia antituberculosa. Los pacientes con tuberculosis pulmonar farmacorresistente y adictos a sustancias psicoactivas o al alcohol representaron el 19,2%; con diabetes, el 15,4%; y coinfectados con el virus de la inmunodeficiencia humana (VM), el 13,4%. Conclusiones: La alta proporción de hombres con tuberculosis puede estar condicionada a una mayor exposición al agente por ser el grupo más activo laboralmente. Se evidenció una mayor prevalencia de cepas multirresistentes a fármacos de primera línea en pacientes de estratos socioeconómicamente bajos, de grupos marginados y con factores de riesgo como desnutrición y abuso de alcohol y de sustancias psicoactivas.

Resumo Objetivo: Estabelecer as características clínicas, sócio-demográficas e farmacológicas dos pacientes com tuberculose pulmonar. Metodologia: Se realizou um estudo descritivo, retrospectivo e transversal com uma mostra de 157 pacientes. A informação foi tomada da base de dados da Secretaría Municipal de Salud Pública da cidade de Cali durante o ano 2013. A associação entre as variáveis foi estabelecida pelo teste de quí-quadrado e com o pacote estatístico SPSS, versão 22.0. Resultados: O 62,4% dos pacientes estudados eram homens jovens e 72%, com baixas condições socioeconômicas. O 9,2% dos pacientes presentaram tuberculose pulmonar farmacorresistente (p = 0,0231). A resistência à isoniazida foi de 94,2%; à rifampicina, de 78,8%; à pirazinamida, de 21,2%; ao etambutol, de 25%; e à estreptomicina, de 48,1%. Os pacientes desnutridos e viciados em drogas e/ou álcool mostraram um aumento da resistência ao tratamento da tuberculose. Os pacientes com tuberculose pulmonar farmacorresistente e com dependência de substâncias psicoativas ou álcool foram 19,2%; com diabetes, representavam 15,4%; e os co-infectados com Virus de Inmunodeficiencia Humana (HIV), o 13,4%. Conclusões: A maior proporção dos homens com tuberculose pode ser favorecida por ser o grupo laboralmente mais ativo que esteja sujeito à maior exposição ao agente. Evidenciou-se maior prevalência de cepas multiresistentes a fármacos de primeira linha em pacientes de camadas baixas, grupos marginais e com fatores de risco como desnutrição, abuso de álcool e substâncias psicoativas.

Abstract Objective: To ascertain clinical, socio-demographic and pharmacological characteristics of patients with pulmonary tuberculosis. Methodology: This is a descriptive, retrospective, and cross-sectional study conducted on a sample of 157 patients. Data were extracted from the Secretaría Municipal de Salud Pública database of the city of Cali during 2013. Correlations among variables was identified using the Chi-Square Test of Independence and the IBM spss Statistics 22.0. Results: 62.4% of the study subjects were young men and 72%, came from low socio-economic levels. 9.2% of patients developed drug-resistant pulmonary tuberculosis (p = 0.0231). Resistance to isoniazid was 94.2%; to rifampicin, 78.8%; to pyrazinamide, 21.2%; to ethambutol, 25%; to streptomycin, 48.1%. Malnourished patients and drug/alcohol addicts were more resistant to antituberculosis therapy. 19.2% of patients were drug-resistant pulmonary tuberculosis and drug/ alcohol addicts; 15.4%, had diabetes; and 13.4%, were co-infected with human immunodeficiency virus (HIV). Conclusions: The higher proportion of males with tuberculosis might be influenced by an exposure to the infective agent, since this group is the most working population. A higher prevalence of strains that are multi-drug-resistant to first-line drugs was found in patients from low socioeconomic levels, belonging to marginalized groups, and with risk factors, such as malnutrition, and alcohol/ psychoactive substances abuse.

Caracterización epidemiológica de pacientes con Sepsis Neonatal en un hospital de la ciudad de Cali (Colombia), 2014 / Epidemiological characterization of patients with Neonatal Sepsis in a Hospital of Cali city (Colombia), 2014

Objetivo: la infección neonatal se encuentra como la principal causa de fallecimientos neonatales en Colombia. El objetivo de este estudio fue establecer las características epidemiológicas de pacientes con sepsis neonatal reportados en un hospital de la ciudad de Cali. Materiales y métodos: estudio de corte transversal analítico a partir de la revisión de 215 historias clínicas de neonatos diagnosticados con sepsis durante el 2014. Los factores de riesgo y su asociación con el desarrollo del tipo de sepsis se establecieron mediante la prueba de χ2 y el Odds Ratio empleando el paquete estadístico IBM SPSS Vs 22,0. Resultados: el 67,9% de los pacientes presentaron sepsis temprana y el 32,1% tardía. El bajo peso al nacer y la prematuridad se encontró en el 12,1% y 15,8%, respectivamente. La ruptura prematura de membrana fue el antecedente materno más prevalente (25,1%) con 2,970 veces más posibilidad para el desarrollo de la sepsis temprana en el 83,3% de los casos. La PCR fue positiva en el 80,5% de los casos, y en el 69,9% de los neonatos con sepsis temprana. Conclusión: la ruptura prematura de membrana fue el factor que más riesgo representó para el desarrollo de la sepsis emprana. La PCR fue positiva principalmente en los neonatos con sepsis temprana, confirmando su utilidad como predictor positivo de este tipo de sepsis. El control prenatal y seguimiento de las madres embarazadas que eviten la infección o colonización bacteriana son necesarios para disminuir la enfermedad..(AU)

Objective: neonatal infection is an important cause of mortality of newborns in Colombia. The objective of this study was to establish the epidemiological characteristics of patients with neonatal sepsis reported in a hospital in Cali. Materials and methods: we conducted a analytical, cross-sectional study from 215 clinical medical charts of patients diagnosed with neonatal sepsis during 2014. Risk factors and their association with the development of sepsis type were established using the chi-square test and Odds Ratio (OR) with the IBM, SPSS statistical package Vs 22.0. Results: 67.9% of the patients were diagnosed with early-onset neonatal sepsis and 32.1% with late-onset sepsis. Low-birth-weigh and preterm infants were found in 12.1% and 15.8%, respectively. Premature rupture of membrane was the most prevalent maternal antecedent (25.1%) with 2,970 times more likely to develop early sepsis in 83.3% of cases. CRP was positive in 80.5% of cases, and in 69,9% of infants with early sepsis. Conclusion: premature rupture of membrane was the factor determined for the development of early sepsis. CRP was positive mainly in neonates with early-onset neonatal sepsis, confirming its usefulness as a positive predictor. Prenatal control and monitoring of pregnant mothers to prevent infection or bacterial colonization are needed to reduce disease..(AU)

CARACTERIZACIÓN DE Staphylococcus aureus OBTENIDO DEL AMBIENTE HOSPITALARIO Y DEL PERSONAL DE SALUD EN UN HOSPITAL DE LA CIUDAD DE CALI / CHARACTERIZATION OF Staphylococcus aureus OBTAINED FROM THE HOSPITAL ENVIRONMENT AND HEALTH CARE STAFF AT A HOSPITAL IN THE CITY OF CALI

RESUMEN Introducción: La colonización nasal de Staphylococcus aureus en el personal de salud y la contaminación de superficies hospitalarias puede preceder a la infección nosocomial. El objetivo de este estudio fue caracterizar los aislamientos de S. aureus que se encuentran en el ambiente hospitalario y en el personal de salud de un hospital de Cali. Material y Métodos: Se empleó un total de 164 muestras (86 del personal de salud y 78 de las salas del hospital). Se realizó antibiograma y se amplificó por PCR los genes mecA y agr. El S. aureus resistente a meticilina asociado al hospital (SARM-AH) o el SARM asociado a la comunidad (SARM-AC) se estableció mediante el análisis de estos genes. Resultados: El S. aureus registró un 21,3% de prevalencia, se detectó en el personal de salud (9,1%) y en el ambiente hospitalario (12,2%). El S. aureus en la unidad de cuidados intensivos fue significativo, con un riesgo mayor de tres (6,1%; OR=3,143, min=1,086, max=9,099; P=0,031). Se identificaron tres perfiles de resistencia (I, II y III), el ambiente hospitalario presentó mayor riesgo de presentar aislamientos con perfil I (20%; OR= 3,500; IC 95% min= 0,050; max = 16,430; p= 0,147). Sin embargo, los aislamientos con el perfil III con multirresistencia a los antibióticos, fueron los más prevalentes en el personal de salud (25,7%) y el ambiente hospitalario (20%).Los aislamientos SARM se encontraron colonizando al 11,4% del personal de salud y en el 17,1% de las superficies del ambiente hospitalario. Todos los aislamientos SARM fueron SCCmec tipo II, compatible con un origen hospitalario. Según el análisis del locus agr, se identificaron tres grupos agr, el 51,4% de los aislamientos pertenecen al grupo agr 1, el 22,8% al agr 2 y el 25,7% al agr 3. Conclusión: Se evidenció la presencia de SARM en el personal y en diferentes salas del hospital. Esta condición podría ser un factor de riesgo para desarrollar infecciones adquiridas en el hospital.

ABSTRACT Introduction: Nasal colonization of Staphylococcus aureus in health personnel and contamination of hospital surfaces may precede nosocomial infection. This study aimed to characterize the isolates of Staphylococcus aureus found in hospital environments and healthcare staff in a hospital in the city of Cali. Materials and Methods: A total of 164 samples (86 from the healthcare staff and 78 from the hospital wards) were used in this study. The characterization was based on the antibiogram analysis and PCR amplification of the mecA and agr genes. The methicillin-resistant S. aureus associated with the hospital (MRSA-AH) or the MRSA associated with the community (MRSA-AC) were established by analyzing these genes. Results: S. aureus recorded 21.3% prevalence, and it was detected in healthcare staff (9.1%) and the hospital environment (12.2%). S. aureus found in the intensive care unit was significant with higher risk than 3 (6.1%; OR = 3.143, min = 1.086, max = 9.099; p = 0.031). Three resistance profiles were identified (I, II, and III), and the hospital environment presented a higher risk of having isolates with resistance profile I (20%; OR = 3.500; CI95% min = 0.050, max = 16.430; p = 0.147). However, isolates classified in profile III with multi-resistance to antibiotics were most prevalent in the healthcare staff (25.7%) and the hospital environment (20%). The MRSA isolates were found colonizing 11.4% health care staff and 17.1% on surfaces of the hospital environment. All MRSA isolates were SCC mec type II, compatible with hospital origin. According to the analysis of agr locus, it was possible to identify three agr groups; 51.4% belonging to agr group 1, 22.8% to agr 2, and 25.7% to agr 3. Conclusion: This study evidenced the presence of MRSA in the healthcare staff and different wards of the hospital. This condition could be a risk factor for developing infections acquired in the hospital.

Characterization of multidrug-resistant Acinetobacter ssp. strains isolated from medical intensive care units in Cali - Colombia / Caracterización de cepas de Acinetobacter spp. resistentes a múltiples fármacos aisladas de unidades de cuidados intensivos en Cali - Colombia

Abstract Introduction: The extensive use of antibiotics has led to the emergence of multi-resistant strains in some species of the genus Acinetobacter. Objective: To investigate the molecular characteristics of multidrug-resistant of Acinetobacter ssp. strains isolated from 52 patients collected between March 2009 and July 2010 in medical intensive care units in Cali - Colombia. Methods: The susceptibility to various classes of antibiotics was determined by disc diffusion method, and the determination of the genomic species was carried out using amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and by sequencing of the 16s rDNA gene. Also, the genes of beta-lactamases as well as, integrases IntI1 and IntI2 were analyzed by PCR method. Results: The phenotypic identification showed that the isolates belong mainly to A. calcoaceticus- A. baumannii complex. All of them were multi-resistant to almost the whole antibiotics except to tigecycline and sulperazon, and they were grouped into five (I to V) different antibiotypes, being the antibiotype I the most common (50.0%). The percent of beta-lactamases detected was: blaTEM (17.3%), blaCTX-M (9.6%), blaVIM (21.2%), blaIMP (7.7%), blaOXA-58 (21.2%), and blaOXA-51 (21.2%). The phylogenetic tree analysis showed that the isolates were clustering to A. baumannii (74.1%), A. nosocomialis (11.1%) and A. calcoaceticus (7.4 %). Besides, the integron class 1 and class 2 were detected in 23.1% and 17.3% respectively. Conclusion: The isolates were identified to species A. baumanii mainly, and they were multiresistant. The resistance to beta-lactams may be by for presence of beta-lactamases in the majority of the isolates.

Resumen Introducción: El uso extensivo de antibióticos ha llevado a la emergencia de cepas multirresistentes en algunas especies del género Acinetobacter. Objetivo: Investigar las características moleculares de resistencia a múltiples fármacos de cepas aisladas de Acinetobacter spp. colectadas entre marzo de 2009 y julio de 2010 en 52 pacientes de unidades de cuidados intensivos en Cali - Colombia. Métodos: La susceptibilidad a diversas clases de antibióticos se determinó mediante el método de difusión de disco, y la determinación de la especie genómica se llevó a cabo usando un análisis de restricción de ADN ribosómico amplificado (ARDRA) y mediante la secuenciación del gen 16s de ADNr. Además, se analizaron por el método de PCR los genes de las beta-lactamasas, como también, las integrasas IntI1 e IntI2. Resultados: La identificación fenotípica mostró que los aislamientos pertenecen principalmente al complejo A. calcoaceticus - A. baumannii. Todos ellos eran multirresistentes a casi todos los antibióticos excepto tigeciclina y sulperazón, y se agruparon en cinco (I a V) antibitipos diferentes, siendo el antibiotipo I el más común (50%). El porcentaje de betalactamasas detectadas fue: blaTEM (17,3%), blaCTX-M (9,6%), blaVIM (21,2%), blaIMP (7,7%), blaOXA-58 (21,2%), blaOXA- 51 (21.2%). El análisis del árbol filogenético mostró que los aislados se agrupaban en A. baumannii (74.1%), A. nosocomialis (11.1%) y A. calcoaceticus (7.4%). Además, el integrón clase 1 y clase 2 se detectaron en 23.1% y 17.3% respectivamente. Conclusión: los aislamientos se identificaron principalmente como la especie A. baumanii, y fueron multirresistentes. La resistencia a los betalactámicos puede deberse a la presencia de betalactamasas en la mayoría de los aislamientos.

Characterization of multidrug-resistant Acinetobacter ssp. strains isolated from medical intensive care units in Cali - Colombia.

INTRODUCTION: The extensive use of antibiotics has led to the emergence of multi-resistant strains in some species of the genus Acinetobacter. OBJECTIVE: To investigate the molecular characteristics of multidrug-resistant of Acinetobacter ssp. strains isolated from 52 patients collected between March 2009 and July 2010 in medical intensive care units in Cali - Colombia. METHODS: The susceptibility to various classes of antibiotics was determined by disc diffusion method, and the determination of the genomic species was carried out using amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and by sequencing of the 16s rDNA gene. Also, the genes of beta-lactamases as well as, integrases IntI1 and IntI2 were analyzed by PCR method. RESULTS: The phenotypic identification showed that the isolates belong mainly to A. calcoaceticus- A. baumannii complex. All of them were multi-resistant to almost the whole antibiotics except to tigecycline and sulperazon, and they were grouped into five (I to V) different antibiotypes, being the antibiotype I the most common (50.0%). The percent of beta-lactamases detected was: blaTEM (17.3%), blaCTX-M (9.6%), blaVIM (21.2%), blaIMP (7.7%), blaOXA-58 (21.2%), and blaOXA-51 (21.2%). The phylogenetic tree analysis showed that the isolates were clustering to A. baumannii (74.1%), A. nosocomialis (11.1%) and A. calcoaceticus (7.4 %). Besides, the integron class 1 and class 2 were detected in 23.1% and 17.3% respectively. CONCLUSION: The isolates were identified to species A. baumanii mainly, and they were multiresistant. The resistance to beta-lactams may be by for presence of beta-lactamases in the majority of the isolates.

INTRODUCCIÓN: El uso extensivo de antibióticos ha llevado a la emergencia de cepas multirresistentes en algunas especies del género Acinetobacter. OBJETIVO: Investigar las características moleculares de resistencia a múltiples fármacos de cepas aisladas de Acinetobacter spp. colectadas entre marzo de 2009 y julio de 2010 en 52 pacientes de unidades de cuidados intensivos en Cali - Colombia. MÉTODOS: La susceptibilidad a diversas clases de antibióticos se determinó mediante el método de difusión de disco, y la determinación de la especie genómica se llevó a cabo usando un análisis de restricción de ADN ribosómico amplificado (ARDRA) y mediante la secuenciación del gen 16s de ADNr. Además, se analizaron por el método de PCR los genes de las beta-lactamasas, como también, las integrasas IntI1 e IntI2. RESULTADOS: La identificación fenotípica mostró que los aislamientos pertenecen principalmente al complejo A. calcoaceticus - A. baumannii. Todos ellos eran multirresistentes a casi todos los antibióticos excepto tigeciclina y sulperazón, y se agruparon en cinco (I a V) antibitipos diferentes, siendo el antibiotipo I el más común (50%). El porcentaje de betalactamasas detectadas fue: blaTEM (17,3%), blaCTX-M (9,6%), blaVIM (21,2%), blaIMP (7,7%), blaOXA-58 (21,2%), blaOXA- 51 (21.2%). El análisis del árbol filogenético mostró que los aislados se agrupaban en A. baumannii (74.1%), A. nosocomialis (11.1%) y A. calcoaceticus (7.4%). Además, el integrón clase 1 y clase 2 se detectaron en 23.1% y 17.3% respectivamente. CONCLUSIÓN: los aislamientos se identificaron principalmente como la especie A. baumanii, y fueron multirresistentes. La resistencia a los betalactámicos puede deberse a la presencia de betalactamasas en la mayoría de los aislamientos.

Prevalencia de Staphylococcus aureus que coloniza el personal de salud de un hospital de la ciudad de Cali / Prevalence of Staphylococcus Aureus Colonizing the Health Care Personnel of a Hospital in the City of Cali / Prevalência de Staphylococcus aureus que coloniza o pessoal de saúde de um hospital da cidade de Cali

Objetivo: El objetivo de este estudio fue determinar la prevalencia de las cepas de Staphylococcus aureus (S. aureus) en los trabajadores de un hospital de la ciudad de Cali. Materiales y métodos: Se realizó un estudio descriptivo, con muestras de rastreo nasal y frotis de piel a 30 trabajadores de salud. La caracterización se basó en el análisis del antibiograma y la amplificación por PCR de los genes mecA y agr. El origen del aislamiento se estableció con el análisis del gen agr, al identificar los grupos agr. Resultados: 11 (26,7 %) trabajadores estuvieron colonizados por S. aureus. La frecuencia de S. aureus fue mayor en el personal de salud que se encontraban en la sala de cirugía (20%; OR = 2,077; P>0,05). Se identificaron cuatro antibiotipos, esta característica es compatible con los clones comunitarios que han demostrado ser altamente diversos con una gran capacidad de diseminación en la comunidad. El 36,4% de los aislamientos presentaron resistencia a cefotaxima y/o oxacilina, fenotipo sugerente de S. aureus resistente meticilina (SARM), en estos aislados se identificó el gen mecA. El grupo agr i se encontró, principalmente, entre los aislamientos sensibles a meticilina (SASM), compatible con un origen comunitario y en los aislamientos SARM pertenecen al grupo agr ii, siendo de origen hospitalario. Conclusión: Se demostró la prevalencia de S. aureus con resistencia a los antibióticos que colonizan al personal de salud, principalmente los que laboran en la sala de cirugía. Se debe mantener el control regular del personal para impedir la diseminación de patógenos.

Objecitve: The aim of this study was to determine the prevalence of isolates of Staphylococcus aureus in workers at a hospital in Cali. Materials and methods: A descriptive study was conducted with samples of nasal swabs, skin smears to 30 health care workers. Phenotypic characterization of isolates was based on susceptibility antibiogram testing and PCR amplification of the identified mecA and agr genes. The origin of isolates was established by analysis of agr gene, identifying the AGR groups. Results: Eleven (26.7 %) workers were colonized with S. aureus. The frequency of S. aureus was higher in health care personnel who were in the operating room (20 %; OR = 2.077; P> 0.05). Four antibiotypes were identified, this feature is compatible with community clones that have proven to be highly diverse with a large capacity to spread in the community. 36.4 % of the isolates were resistant to cefotaxime and/or oxacillin, suggestive mrsa phenotype in these isolated the mecA gene was identified. Agr i was found primarily among isolates metillicin-sensitive S. aureus (MSSA), compatible with community origin, and MRSA isolates belong to AGR ii, with hospital waste. Conclusion: The prevalence of S. aureus resistant to antibiotics that colonize health care personnel was demonstrated, mainly in those working in the operating room. Regular monitoring of personnel should be regularly conducted to prevent the spread of pathogens.

Objetivo: o objetivo deste estudo foi determinar a prevalência das cepas de Staphylococcus aureus nos trabalhadores que trabalham em um hospital da cidade de Cali. Materiais e métodos: realizou-se um estudo descritivo, com amostras de rastreamento nasal e esfregaços da pele de 30 trabalhadores de saúde. A caracterização se baseou na análise do antibiograma e da amplificação por PCR dos genes mecA e agr. A origem do isolamento se estabeleceu com a análise do gene agr, identificando os grupos agr. Resultados: 11 (26,7%) trabalhadores estiveram colonizados por S. aureus. A frequência de S. aureus foi maior no pessoal da saúde que se encontrava na sala de cirurgia (20%; OR=2,077; P>0,05). Identificaram-se quatro antibióticos, esta característica é compatível com os clones comunitários que têm demonstrado ser altamente diversos com uma grande capacidade de disseminação na comunidade. O 36,4% dos isolamentos apresentaram resistência a cefotaxima e/ou oxacilina, fenótipo sugestivo de SARM, nestes isolados se identificou o gene mecA. O grupo agr i encontrou-se principalmente entre os isolamentos sensíveis a meticilina (SASM), compatível com uma origem comunitário e nos isolamentos SARM pertencem ao grupo agr ii, sendo de origem hospitalar. Conclusão: demonstrou-se a prevalência de S. aureus com resistência aos antibióticos que colonizam ao pessoal de saúde, principalmente os que trabalham na sala de cirurgia. Deve-se manter o controle regular do pessoal para impedir a disseminação de patógenos.

Characterization of Staphylococcus aureus Isolates That Colonize Medical Students in a Hospital of the City of Cali, Colombia.

Introduction. Nasal carriage of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) represents a risk for the spread of bacteria. This study characterized the S. aureus isolated from medical students, who were in their clinical rotation at a hospital in the city of Cali. Materials and Methods. 216 students participated in the study and 63 isolates of S. aureus were evaluated for susceptibility and PCR amplification of agr and mecA genes. The origin of MRSA isolates was established by analyzing agr polymorphisms. Results. A total of 29.2% of students were colonized by S. aureus and nasal carriage rate was 23.6% and 14.3% MRSA. Three agr groups (agr II, and agr III) were identified; the agr I group was the most common, with a 35% prevalence; this group is from community origin. Conclusion. The present study demonstrates that medical students carry S. aureus strains, with the threat of spreading them both to community and hospital environments.